全国健康保険協会に移行
従来健康保険組合に加入しない雇用者は、政府が管掌する健康保険に加入していました。つまり、大企業などは健康保険組合、健康保険組合を作ることのできない中小企業は政府管掌健康保険に加入していたのです。
ところが、医療保険財政の厳しさから、また医療費支出の地域格差が大きいことから、健康保険の運営を各都道府県を単位とする全国健康保険協会へ移管することになりました。（平成20年施行）
全国健康保険協会には運営委員会（委員は９人以内とし、事業主、被保険者、学識経験者を同数厚生労働大臣が任命）が設置され、毎事業年度の事業計画並びに予算及び決算、重要な財産の処分等の職務を行います。また、各都道府県には評議会を設け、適正な運営が行われるように評議会の意見を聴かなければなりません。
厳しい経営状態の健康保険組合
健康保険組合は、大企業を中心に親会社と子会社、企業グループなどの社員が加入する健康保険です。事業主が単独で設立する健康保険組合は、事業主に常時使用されている被保険者数が700人以上、複数の事業主が共同して設立する場合は合算して3,000人以上必要とされています。また、健康保険組合を設立しようとする場合は、適用事業所に使用される被保険者の２分の１以上の同意が必要です。複数の適用事業所が設立する場合も、それぞれの事業所で2分の1以上の同意が必要となります。
健康保険組合は協会健保と違い、一定範囲内で独自の保険料を設定することができます（もちろん、その保険料の決定に際しては厚生労働大臣の承認が必要となります）。ただし、協会健保の保険料率とのかねあいから、一定率を超える場合は超える部分を事業主が負担しなければなりません。
就業者構造の変化、定年延長、経営環境の悪化などにより、健康保険組合を維持していくことが困難になっています。財政基盤が弱い組合は解散するか、比較的財政状況のよい組合と合併するか選択を迫られています。
原則として、同一健保組合の被保険者に係る保険料率は同じですが、合併により設立された健康保険組合（地域型健康保険組合）で一定要件に該当するものは、合併した年度とそれに続く５カ年度に限り不均一の保険料率を設定することができます。